پدر ایشان سید مصطفی موسوی فرزند علامه سید احمد موسوی در ۲۹ بهمن ۱۲۴۱ ه.ش. در شهرستان خمین به دنیا آمد و در تاریخ اسفند ۱۲۸۱ در راه خمین به اراک مورد سوء قصداشرار قرار گرفت و بر اثر اصابت گلوله در چهل سالگی به شهادت رسید.
هاجر خانم مادر امام خمینی، زنی از خاندان علم و تقوا و فرزند آیت‌الله میرزا احمد خوانساری است. امام خمینی پنجمین ماه عمر خود را با درد یتیمی آغاز کردند و از آن پس مادر و عمه بزرگوارشان، تربیت ایشان را عهده دار بودند.
امام خمینی در سن ۲۷ سالگی ازدواج کردند. همسر ایشان، دختر حاج میرزا محمدثقفی از روحانیون تهران بود. اسامی فرزندان امام به این صورت است: مصطفی، صدیقه (خانم اشراقی)، فریده (خانم اعرابی)، زهرا (خانم بروجردی)، احمد.
تحصیل در خمین
امام خمینی در همان کودکی درس را آغاز کردند و پس از آن به مکتب رفتند. بعد از اتمام مکتب به مدرسه‌های جدید رفتند و با پایان آن، تحصیل علوم اسلامی را در محضر دایی و برادرشان آغاز کردند.
تحصیل در اراک
سال ۱۳۳۹ ه.ق امام خمینی برای تکمیل تحصیلات خود به واسطه حضور آیت‌الله عبدالکریم حائری یزدی به اراک رفتند. در این دوره در محضر اساتیدی چون شیخ محمدعلی بروجردی و شیخ محمد گلپایگانی تلمّذ کردند.
تحصیل در قم
همزمان با عزیمت آیت‌الله حائری به قم، امام نیز به قم رفتند و در ۲۵ سالگی سطوح عالیه حوزه را به پایان رسانیدند. پس از آن با شرکت در درس آیت‌الله حائری به درجه اجتهاد نائل آمدند. از میان همه اساتید امام آن که بیش از همه روح ایشان را اشباع می‌کرد، درس عرفان نظری مرحوم محمدعلی شاه‌آبادی بود. شش سال، گاه هر روز و گاه هر چند هفته یکبار، نزد او می‌رفتند تا کنار فقه و فلسفه، عرفان را نیز بیاموزدند.
